那哈五身份特殊，接替周宪章，授湖广提督，并授兵部尚书衔，官居一品，这是遥领授职。光绪皇帝对这位皇叔，还是极为看重，他心里还指望着那皇叔辅佐他的皇位。

姚喜授副将。

吴佩孚授台北总兵，加兵部侍郎衔。

张作霖授彰化总兵。

张勋授台南总兵兼知府。

郭二杆授台中总兵。

蔡挺干授海军提督，领海军大臣衔。

李国革授澎湖知事，授总兵衔。

丁汝昌原本就是北洋水师的提督，擢升为海军提督，授兵部侍郎衔。

此外，盛大年和钱有贵均授户部侍郎，在台北效力。丘蓬甲授台湾布政使，吴彭年授台北知府，孟侬授彰化知府。其余章军官兵，各有封赏，将官升三级，士兵赏银五百两，阵亡将士家属由朝廷抚恤，赏银一千两，并免五年赋税。

周宪章代表章军官兵领旨谢恩。

其实，章军官兵和台朝两地的官员们，对于朝廷的封赏毫不在意，在台湾和朝鲜，朝廷的官衔已经没有什么实际意义了。周宪章早已任命了两地的军政官员，官员们也早已走马上任。接受朝廷的封赏，其实是给朝廷一个面子。

周宪章在任命各地地方官的同时，对章军进行了整编。将章军整编成了两个军。章军设司令部，周宪章自认章军总司令，罗鸣芳为副司令，汉纳根为参谋长兼训练总监，小贩出身的钱有贵，因为前段时间的出色表现，被任命为章军司令部情报部部长，负责间谍活动。

台湾章军陆军整编为第一军，军长那哈五，副军长吴佩孚。第一军下辖三个师和一个独立旅，第一师师长吴佩孚兼任，第二师师长佟蔚，第三师师长张作霖。驻琉球的独立旅，扩编为章军第四师，归第一军管辖，师长郭二杆。

此外，张勋的直属旅，仍然为章军司令部直属旅，由周宪章直接调度。周宪章知道，张勋的部队能打仗，不过，得把张勋这小子看严实了，这小子稍稍松活一点手脚，就要闹出点事。

朝鲜章军陆军整编为第二军，军长朴永烈，副军长冯国璋。下辖两个师，第五师师长韩令准，第六师师长由冯国璋兼任。

章军设海军司令部，海军司令蔡挺干，副司令丁汝昌。海军下辖三个舰队，其中，第一舰队以镇远为旗舰，以澎湖为基地，由蔡挺干直接指挥。第二舰队以定远为旗舰，以基隆为基地，由丁汝昌指挥。第三舰队为朝鲜支队，程璧光为舰队司令，以仁川为基地。此外，李国革的海军陆战队扩编为一个师，驻扎在澎湖。

经过整编，章军陆军总兵力为两个军，加上司令部直属部队，总兵力8万，大炮五百门。海军三个舰队，拥有巡洋舰十二艘，炮舰二十艘，鱼雷艇八艘，其他舰船十艘，共有各类舰船四十艘，加上海军陆战师八千人，总兵力达到了三万人。章军成为了一支令人望而生畏的力量。周宪章真正成了一方霸主！

同时，在台北成立武备学堂，周宪章亲自担任校长，罗鸣芳为常务副校长，汉纳根为教务主任。这座完全西式的军事学堂，担负着为章军提供后备人才的任务。周宪章规定，章军营、连、排军官，全部都要到武备学堂受训，这些军官大部分是打出来的，临战经验是有的，理论知识严重不足，经过训练，战术意识大为提升。

周宪章的老朋友，德国人艾德，受邀来到台北，担任台北武备学堂的总教习。艾德把他的德国同行都带了来。台北武备学堂人才济济。